Zakon Kapucynów jest częścią rodziny zakonów franciszkańskich. Powstał na mocy wydanego przez papieża Klemensa VII w 1528 r. breve „Exponi nobis”, w którym pozwolił on kilku braciom z zakonu franciszkanów obserwantów na odłączenie się od dotychczasowej rodziny zakonnej i prowadzenie życia eremickiego oraz noszenie brody i habitu ze spiczastym kapturem.

Do Polski kapucyni zostali sprowadzeni w 1681 r. przez króla Jana III Sobieskiego. Pierwsi zakonnicy przybyli do Polski się w sierpniu tegoż roku. Dziesięć lat później otworzyli nowicjat, przyjmując miejscowych kandydatów. Pierwszy klasztor powstał w Warszawie przy ul. Miodowej, drugi w Krakowie, kolejne we Lwowie i Lublinie. W 1754 r. papież Benedykt XIV wydał breve „Quaecumque ad majorem”, którym erygował Prowincję Polską Kapucynów pod wezwaniem św. Wojciecha i św. Stanisława.

Pod koniec XVIII w. Prowincja Polska Kapucynów podzieliła los państwa polskiego i znalazła się w granicach trzech mocarstw zaborczych. Zaborcy prześladowali zakony jako narzędzia władzy papieskiej i strażników ponadnarodowego charakteru Kościoła: zabroniono kontaktów ze Stolicą Apostolską, ograniczono przyjmowanie nowicjuszy, skasowano niektóre klasztory. Po zawirowaniach epoki napoleońskiej ukonstytuowały się trzy prowincje kapucyńskie: ruska – na terenie Imperium Rosyjskiego, polska – na terenie Królestwa Kongresowego i galicyjska – na ziemiach pod jurysdykcją Austro-Węgier. Prowincja ruska przetrwała do 1888 r., zaś prowincje polska i galicyjska, zredukowane do rangi komisariatów i bardzo osłabione materialnie i personalnie, dotrwały do odrodzenia Polski. Mimo trudności i wrogości panującej władzy,

Kapucyni byli gorliwymi krzewicielami wiary i żarliwego patriotyzmu. Charyzmatyczne postacie bł. Honorata Koźmińskiego, o. Prokopa Leszczyńskiego i o. Wacława Nowakowskiego zapisały piękną kartę w historii polskiego Kościoła okresu niewoli narodowej. O. Maksym Tarejwa i o. Agrypin Konarski straceni za udział w powstaniu styczniowym stoją na czele niemałej liczby zakonników zaangażowanych patriotycznie.

Lata dwudzieste i trzydzieste w Polsce to czas stabilizacji i rozwoju kraju. Kapucyni mogli swobodnie prowadzić działalność duszpasterską. Nastąpił liczebny wzrost powołań, powstały niższe i wyższe seminaria duchowne.

II Wojna Światowa odcisnęła dramatyczne piętno w historii zakonu. Kapucyni znaleźli się wśród ofiar eksterminacji, deportacji, zsyłek i prześladowań dokonywanych przez oba systemy totalitarne - hitlerowski i stalinowski. Wśród 108 męczenników II wojny światowej beatyfikowanych przez Jana Pawła II znajduje się 5 kapucynów z prowincji warszawskiej.

Generał Zakonu o. Benignus Re Cecconi, dekretem z 1952 r. powołał do istnienia Prowincję Warszawską.

Czas istnienia odrodzonej Prowincji przypadł na lata komunizmu, począwszy od jego brutalnej stalinowskiej formy, po "liberalizm" lat siedemdziesiątych XX w. i upadek systemu. Tak klasztory jak i braci w Polsce dotknęły komunistyczne represje. W Warszawie i Łomży przeprowadzano rewizje i zabór mienia. Aresztowano w 1953 r. prowincjała Benignusa Sosnowskiego i kilku innych braci. W 1963 przemocą odebrano budynek Niższego Seminarium Duchownego w Nowym Mieście, umieszczając w nim szkołę zawodową. Zatrzymano dla celów świeckich gmach Kolegium św. Fidelisa w Łomży, umieszczając w nim szpital, później szkołę zawodową. Przez długi czas odmawiano pozwolenia na budowę kościoła i klasztoru w Lublinie na Poczekajce, w 1953 r. usunięto braci z Ustronia Morskiego, a próbowano ich także usunąć z Krynicy Morskiej. Odmawiano paszportów na wyjazdy zagraniczne, również służbowe w sprawach zakonnych (np. na kapituły generalne) i celem studiów.

W Kościele był to czas II Soboru Watykańskiego, przemian w liturgii i duszpasterstwie, przystosowanej odnowy życia zakonnego oraz poszukiwania nowych form świadectwa życia ewangelicznego w zmieniającym się świecie. Mimo niesprzyjających warunków Prowincja przejawiła aktywność na polu duszpasterskim.

Nowym zjawiskiem stało się duszpasterstwo parafialne i to, co się z tym łączy: katechizacja i asystencja duchowa grup młodzieżowych. W 1968 r. powstał Dom Rekolekcyjny Duszpasterstwa Trzeźwości, przekształcony w następnych latach w Ośrodek Apostolstwa Trzeźwości, który organizuje kursy i szkolenia oraz rekolekcje dla animatorów ruchu trzeźwości i abstynencji oraz wydaje własne czasopismo Trzeźwymi Bądźcie. Podtrzymaniu i rozwinięciu uległa praca misyjno-rekolekcyjna, obejmująca zarówno misje ludowe, rekolekcje wielkopostne i adwentowe, jak też rekolekcje i misje o profilu trzeźwościowym oraz rekolekcje dla grup zamkniętych. Posługa duszpasterska na rzecz zgromadzeń zakonnych, zwłaszcza założonych przez bł. Honorata Koźmińskiego, obejmuje sprawowanie sakramentu pojednania z kierownictwem duchowym, przeprowadzanie rekolekcji i dni skupienia oraz dokształcanie religijne.

Z myślą o rozszerzaniu i pogłębianiu znajomości duchowości franciszkańskiej i honorackiej powstało w 1993 r. w Zakroczymiu Centrum Duchowości "Honoratianum". Duszpasterstwo powołaniowe, pomyślane jako pomoc młodym ludziom w odkryciu i uświadomieniu ich drogi powołania systematycznie prowadzi rekolekcje i dni skupienia oraz wydaje - oprócz ulotek i informatorów - dwumiesięcznik Braciszkowie Św. Franciszka.

Od 1972 bracia z Prowincji Warszawskiej są obecni na misjach zagranicznych w Gwatemali i Salwadorze. 1987 r. Prowincja podjęła posługę misyjnej obecności w Szwecji a w 2000 r. w Gabonie. Do braci pracujących na Białorusi od 1989 r. zaczęli dojeżdżać bracia z Polski, początkowo z doraźną pomocą, następnie z myślą podjęcia stałej posługi w tamtejszych Kościołach lokalnych. Umożliwiło to w 1997 erygowanie Wiceprowincji Białorusi.

W 1994 r. został mianowany trzeci w dziejach biskup z grona zakonników Prowincji - bp Pacyfik Antoni Dydycz, ordynariusz drohiczyński.