Zakon Kapucynów jest częścią rodziny zakonów franciszkańskich. Powstał na mocy wydanego przez papieża Klemensa VII w 1528 r. breve „Exponi nobis”, w którym pozwolił on kilku braciom z zakonu franciszkanów obserwantów na odłączenie się od dotychczasowej rodziny zakonnej i prowadzenie życia eremickiego oraz noszenie brody i habitu ze spiczastym kapturem.
Do Polski kapucyni zostali sprowadzeni w 1681 r. przez króla Jana III Sobieskiego. Pierwsi zakonnicy przybyli do Polski się w sierpniu tegoż roku. Dziesięć lat później otworzyli nowicjat, przyjmując miejscowych kandydatów. Pierwszy klasztor powstał w Warszawie, drugi w Krakowie, kolejne we Lwowie i Lublinie. W 1754 r. papież Benedykt XIV wydał breve „Quaecumque ad majorem”, którym erygował Prowincję Polską Kapucynów pod wezwaniem św. Wojciecha i św. Stanisława.
Pod koniec XVIII w. Prowincja Polska Kapucynów podzieliła los państwa polskiego i znalazła się w granicach trzech mocarstw zaborczych. Zaborcy prześladowali zakony jako narzędzia władzy papieskiej i strażników ponadnarodowego charakteru Kościoła: zabroniono kontaktów ze Stolicą Apostolską, ograniczono przyjmowanie nowicjuszy, skasowano niektóre klasztory. Po zawirowaniach epoki napoleońskiej ukonstytuowały się trzy prowincje kapucyńskie: ruska – na terenie Imperium Rosyjskiego, polska – na terenie Królestwa Kongresowego i galicyjska – na ziemiach pod jurysdykcją Austro-Węgier. Prowincja ruska przetrwała do 1888 r., zaś prowincje polska i galicyjska, zredukowane do rangi komisariatów i bardzo osłabione materialnie i personalnie, dotrwały do odrodzenia Polski. Mimo trudności i wrogości panującej władzy,
Kapucyni byli gorliwymi krzewicielami wiary i żarliwego patriotyzmu. Charyzmatyczne postacie bł. Honorata Koźmińskiego, o. Prokopa Leszczyńskiego i o. Wacława Nowakowskiego zapisały piękną kartę w historii polskiego Kościoła okresu niewoli narodowej. O. Maksym Tarejwa i o. Agrypin Konarski straceni za udział w powstaniu styczniowym stoją na czele niemałej liczby zakonników zaangażowanych patriotycznie.
Lata dwudzieste i trzydzieste w Polsce to czas stabilizacji i rozwoju kraju. Kapucyni mogli swobodnie prowadzić działalność duszpasterską. Nastąpił liczebny wzrost powołań, powstały niższe i wyższe seminaria duchowne.
W 1939 r. komisariat krakowski został podniesiony do rangi prowincji. Odzyskano część skasowanych wcześniej klasztorów, obejmowano nowe fundacje. Druga wojna światowa odcisnęła dramatyczne piętno w historii zakonu. Kapucyni znaleźli się wśród ofiar eksterminacji, deportacji, zsyłek i prześladowań dokonywanych przez oba systemy totalitarne – hitlerowski i stalinowski. Wśród 108 męczenników II wojny światowej beatyfikowanych przez Jana Pawła II znajduje się 5 kapucynów z prowincji warszawskiej.
Po zakończeniu wojny i ustaleniu nowych granic Polski prowincja krakowska została pozbawiona większości klasztorów. Kapucyni udali się zatem na ziemie zachodnie i północne, gdzie w bardzo trudnych warunkach tworzyli zręby struktur kościelnych. Obecne domy zakonne w Gdańsku, Pile, Wałczu, Nowej Soli, Wrocławiu, Wołczynie i Bytomiu są świadectwem wysiłku i zaangażowania duszpasterskiego kapucynów w pierwszych latach po wojnie.
Sześćdziesiąt lat po II Wojnie Światowej to czas zmagań z zakusami totalitarnego państwa, ale także rozwoju personalnego i podejmowania nowych wyzwań na płaszczyźnie formacyjnej, pastoralnej i misyjnej.
W roku 2019 Prowincja Krakowska obchodzi uroczysty jubileusz 80- lecia od powstania.